diff --git a/local-tool/visiona-local/app.go b/local-tool/visiona-local/app.go
index 7be0ce9..d1f5698 100644
--- a/local-tool/visiona-local/app.go
+++ b/local-tool/visiona-local/app.go
@@ -42,7 +42,13 @@ import (
 const (
 	defaultPreferredPort = 3721
 	portSearchRange      = 20
-	healthCheckTimeout   = 30 * time.Second
+	// healthCheckTimeout：waitHealthy 等 server /api/system/health 200 的上限。
+	//
+	// 從 30s → 60s 的理由：Windows 首次啟動時 Defender real-time scan 會對
+	// visiona-local-server.exe 做完整掃描（未簽章 + 首次執行）可延遲 30-60 秒才
+	// 允許 process 真正執行。30 秒不夠，60 秒涵蓋絕大多數企業環境（含 EDR）。
+	// 日常啟動 server 幾百毫秒就能回應，放寬上限不會影響正常情境。
+	healthCheckTimeout = 60 * time.Second
 	shutdownGracePeriod  = 5 * time.Second
 	appName              = "visiona-local"
 )
diff --git a/local-tool/visiona-local/frontend/app.js b/local-tool/visiona-local/frontend/app.js
index c1b983c..bf560d1 100644
--- a/local-tool/visiona-local/frontend/app.js
+++ b/local-tool/visiona-local/frontend/app.js
@@ -338,6 +338,11 @@ function subscribeEvents() {
         const m = document.getElementById('shutdown-modal');
         if (m) m.removeAttribute('hidden');
     });
+    // stopGraceful 結束時對稱 hide，避免 popup 卡住。
+    EventsOn('shutdown:modal-hide', () => {
+        const m = document.getElementById('shutdown-modal');
+        if (m) m.setAttribute('hidden', '');
+    });
 
     // app level fatal（保留相容）
     EventsOn('app:error', (msg) => {
diff --git a/local-tool/visiona-local/server_control.go b/local-tool/visiona-local/server_control.go
index 709a29a..a799342 100644
--- a/local-tool/visiona-local/server_control.go
+++ b/local-tool/visiona-local/server_control.go
@@ -406,6 +406,15 @@ func (p *ServerProcess) stopGraceful() {
 	defer modalTimer.Stop()
 	defer graceTimer.Stop()
 
+	// 追蹤 modal 是否曾 show，return 時需要對稱地 hide（避免前端卡在
+	// 「正在停止伺服器…」popup）。
+	modalShown := false
+	defer func() {
+		if modalShown && p.app != nil && p.app.ctx != nil {
+			wailsRuntime.EventsEmit(p.app.ctx, "shutdown:modal-hide", nil)
+		}
+	}()
+
 	for {
 		select {
 		case <-done:
@@ -414,6 +423,7 @@ func (p *ServerProcess) stopGraceful() {
 		case <-modalTimer.C:
 			if p.app != nil && p.app.ctx != nil {
 				wailsRuntime.EventsEmit(p.app.ctx, "shutdown:modal-show", nil)
+				modalShown = true
 			}
 		case <-graceTimer.C:
 			_ = p.cmd.Process.Kill()
@@ -590,7 +600,23 @@ func (a *App) startServerV2(preferredPort int) (*ServerProcess, error) {
 	go a.logPump(stderrPipe, "stderr", stderrLog)
 
 	// 11. 等 health check — 對應啟動階段 3「啟動本機伺服器」
+	//
+	// 冷啟動時 pause hard timeout：Windows 首次執行 visiona-local-server.exe 會被
+	// Defender / EDR real-time scan 卡 30-60 秒，60 秒 healthCheckTimeout 本身足夠，
+	// 但不該把這段 scan 時間算進 startup pipeline 的 60 秒 total budget（那是日常
+	// 啟動預算，首次 bootstrap 應豁免，和 Stage 2 Python bootstrap 同理）。
+	//
+	// 判斷冷啟動：pipeline 處於 stage 1-6 範圍內（IsInColdStart）。
+	// RestartServer（pipeline 已 ready，current==7）不 pause，維持嚴格計時。
+	pausedForWait := false
+	if a.startupPipeline != nil && a.startupPipeline.IsInColdStart() {
+		a.startupPipeline.PauseHardTimeout()
+		pausedForWait = true
+	}
 	if err := waitHealthy(port, healthCheckTimeout); err != nil {
+		if pausedForWait {
+			a.startupPipeline.ResumeHardTimeout()
+		}
 		proc.forceKill()
 		removeIPCPort(a.dataDir)
 		// 階段 3 失敗
@@ -599,6 +625,9 @@ func (a *App) startServerV2(preferredPort int) (*ServerProcess, error) {
 		}
 		return nil, fmt.Errorf("server did not become healthy: %w", err)
 	}
+	if pausedForWait {
+		a.startupPipeline.ResumeHardTimeout()
+	}
 	// 階段 3 完成 → 自動進入階段 4 running
 	if a.startupPipeline != nil {
 		a.startupPipeline.CompleteStage(3)